Никольский собор несколько суров и с архитектурной точки зрения по-новгородски традиционен. Трапезная, напротив, нарядна, красочна, привлекает внимание своей декоративностью. И казалось, что два эти здания по архитектурным формам специально противопоставлены друг другу. Церковь Иоанна Богослова не выделяется из общего комплекса новгородских храмов. В ее здании удачно сочетаются московская пышность с северной новгородской строгостью. Строительство ее было начато в 1694 году и через 4 года закончено. Но в год завершения строительных работ бурей была сорвана кровля и разрушены главы. Восстанавливалась церковь до 1702 года. Особую красоту возведенному зданию храма придавали изразцы. В Новгороде они стали применяться с XVI века, и ими в большей или меньшей степени были украшены многие сооружения города, построенные или перестроенные в XVII веке.
В Вяжищском монастыре изразцы использованы как вставки на галереях, введены в декор крылец, применены в нишах стен, в обрамлении оконных и дверных проемов, в широких фризах по всему зданию трапезной, в украшении парапетов лестничных всходов, барабанов глав. Монументальная вяжищская керамика характерна четким и ярким рисунком, хорошо видимым, даже если плитки размещены на большой высоте. На печных изразцах чаще всего изображены цветочные букеты в вазоне и геометрические фигуры. Средние и большие изразцы более разнообразны по рисункам: на плитках единорог (в восьмерике колокольни), двуглавый орел (в верхнем фризе второго яруса трапезной), крест, ваза с крупным цветком-плодом и т.д.
В начале XVII века во время шведского нашествия монастырь пострадал, но по окончании иноземной оккупации, пользуясь особым покровительством царя Михаила Федоровича, быстро восполнил свои богатства. В 1625 году, например, по грамоте, данной царем монастырю, разрешались рыбные ловли совместно с Соловецким монастырем на реке Выге в Архангельской губернии. Из Вяжищ выезжали туда два служителя ежегодно «для ловли рыбы семги» и для отправки девятой части улова в свой монастырь.
В 1764 году по Указу императрицы Екатерины II Николо-Вяжищский монастырь был причислен ко II классу, а все его земли отняты в пользу государства. С этого времени экономическое положение обители резко ухудшилось. В XVIII—XIX веках на ее территории располагалась монастырская тюрьма.
В 1920 году монастырь был закрыт, его постройки использовались местным колхозом для хозяйственных нужд: в помещениях под трапезной было устроено зернохранилище, гумно, картофельные ямы. Здесь же разместились слесарные мастерские, кузница. Были растесаны многие оконные и дверные проемы, в стенах пробиты въезды для техники. На втором этаже располагалась школа. Здания монастыря сильно пострадали в годы Великой Отечественной войны.
В 1958 году под руководством архитектора-реставратора Л.Е. Красноречьева в монастыре начались обмерные и исследовательские, а в 1964 году — реставрационно-восстановительные работы.
В 1989 году Николо-Вяжищский монастырь был возвращен церкви. Первая Литургия была совершена 11 сентября 1989 года, а 31 марта 1990 года состоялось освящение нижнего храма в честь святого Евфимия, архиепископа Новгородского. Первое Богослужение в нем совершал митрополит Ленинградский и Новгородский, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. По его благословению монастырю было определено быть женским.
В Николо-Вяжищском Ставропигиальном (подчиняющимся непосредственно патриарху) женском монастыре в настоящее время два действующих храма: в честь Евфимия, архиепископа Новгородского (здесь покоятся его мощи), и собор в честь святого Николая, архиепископа Мир Ликийских (восстановлен и освящен 19 мая 2000 года). Два храма: в честь Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова с трапезной и храм Вознесения Господня находятся в стадии реставрации.
Марина Пуксант